組織と運営 

協会を組織する会員は、輸出入業者、倉庫・サイロ、港運、製造、薬品・防除、船社・ターミナル、梱包など、植物検疫に係わる多様な業種にまたがり、これら正会員と特別会員1名を含めて、294(2020年12月1日現在)の企業・団体等が加入しています。これら会員により構成される総会において、運営に関する事項が決定されます。
役員は、会長、副会長2名、常務理事を含む理事14名と監事3名で、理事会を開催、会務の執行を行っています。また、会長の諮問機関として、各業種の実務責任者クラスで構成する実務委員会を設け、事業活動等に関する研究・検討を行っています。なお協会の業務を処理する事務局は、事務局長以下職員17名で構成されています。